本溪研发基地主要承担中药制药工程技术中试及产业转化研究，位于国家辽宁（本溪）生物医药科技产业基地。综合实验楼建筑面积6561㎡。功能包含制剂技术研究、植化研究、仪器分析、理化分析、稳定性试验、图书情报、档案资料、学术交流等。中试提取车间建筑面积2000㎡，集成以动态多级逆流提取、多效浓缩和真空低温连续干燥等新型高效节能单元工艺装备，运用系统集成优化技术和生产过程控制技术，建立目前国内技术领先的集成化、管道化、模块化和数字化中药先进提取生产线。中试制剂车间建筑面积1200㎡，能够批量加工片剂、胶囊剂、颗粒剂、微丸、缓控释、喷雾剂、自微乳、微囊等制剂。
国家中成药工程技术研究中心现有员工94人，拥有一批高级专业技术人员，其中博士9人，硕士42人，高级职称14人；2014年荣获国家五部委全国“讲理想，比贡献”活动团体创新荣誉称号。有较强的自主研发能力，先后开发新药39个，授权发明专利51项，承担国家科技重大专项12项，部省级项目20余项。取得了十余项重大科研成果，其中“参附注射液品质控制与产业化关键技术应用”和“基于活性成分中药质量控制新技术及在药材和红花注射液等中的应用”项目荣获国家科技进步二等奖、“南药资源可持续开发利用的系列研究”项目荣获教育部科技进步一等奖，此外还获得多项辽宁省、广东省科技奖项。自主创新开发了8项实用中药工程技术；系列中成药研制开发、中药固体口服制剂、中药提取及过程控制研究、中药野生转种等技术处于国内先进水平。现已形成集中成药研究、工程技术开发、人才培养、技术服务及成果转化为一体的新型中成药研发和产业化基地。
深圳研发基地主要承担中药制剂及质量控制技术创新研究，位于深圳观澜华润三九高技术产业园区。创新研发综合实验楼面积为10280㎡，包括中药植化分析、中药理化分析、中药栽培组学、高效液相分析检测、气相分析检测、红外光谱分析检测、薄层色谱分析、药物稳定性试验、制剂研究、微生物检测、中药口服制剂、中药缓控释制剂、中药外用制剂等实验室。工程化设备超过150台套，试验研发设备、仪器超过200台套，设备原值超过7000万元，实验条件达到国内领先水平。
国家中成药工程技术研究中心结合依托单位技术优势及近年来中成药行业发展需求，采用机制创新与技术创新并重的方针，承担企业创新中药及核心品种产品力提升的基础性研究和工程化技术研究工作，主要研究方向： ①系列中成药研究，有效部位及组分中药研究；②中药生产自动化、在线监测工程化技术研究；③中药大品种质量与药效相关性“谱-效-色-卡”研究；④中药DNA条形码鉴定、中药生物效应质量控制；⑤中药材野生转家种研究；⑥中药配方颗粒行业标准研究。
国家中成药工程技术研究中心根据中医辨证施治理论，在系列中成药开发方面取得了突出成就，获得胃病系列新药3项、痹症系列新药3项、乙肝系列新药3项、感冒系列新药4项。在大品种技术升级方面，通过物质基础研究、全息指纹图谱研究、网络药理研究等，创造性的建立了“谱-量-效-卡”产品质控新模式。
已建立高新技术、中药材种植示范推广基地10个，受益企业和农户超过2000（家、户）。与31所国内知名大专院校、科研机构开展技术合作，实施合作项目（课题）超过65项。形成了以中国药都及东北三省中药生产企业为核心，覆盖国内外相关企业及科研单位的辐射网络，开展工程化转化、技术服务，带动和促进了行业技术进步，推动了中药产业结构调整和优化升级，促进了我国中药现代化战略的实施。
